Причины решения
Запорожская Сечь сохраняла выборное управление, собственный суд и вооружённые силы. Подобное устройство противоречило курсу Екатерины II на централизацию империи. Правительство стремилось подчинить окраинные территории единой администрации и контролировать сбор податей. Казачья вольница с особыми порядками мешала внедрению общей системы управления. Эта политика сочеталась с регулированием положения различных конфессиональных общин, что отражал указ о веротерпимости 1773 года.

Пограничное положение прежде оправдывало широкую самостоятельность запорожцев. Казаки защищали южные рубежи, участвовали в походах и вели разведку. Расширение имперских владений изменило военное значение Сечи. После продвижения границы на юг прежний оборонительный центр утратил незаменимую функцию.
Власти тревожили земельные споры между запорожцами и новыми поселенцами. Кош считал степные угодья частью своих владений, а правительство передавало участки помещикам, переселенцам и военным. Разногласия затрагивали выпас, рыбные промыслы, зимовники и пути сообщения. Независимое распределение земель мешало казённому учёту и административному разделению края.
Политическое недоверие усиливала готовность Сечи принимать беглых крестьян. Для зависимого населения казачья территория служила убежищем от помещичьей власти. Имперское руководство видело в подобной практике угрозу сословному порядку. Опасения вызывали и контакты запорожской старшины с соседними державами, хотя они не означали подготовку общего мятежа.
Военная операция
Ликвидация Запорожской Сечи прошла после завершения войны с Османской империей. Освободившиеся части окружили укрепление, перекрыли выходы и предъявили требование о сдаче. Кошевой атаман Пётр Калнышевскийлышевский отказался от вооружённого сопротивления. Соотношение сил и присутствие имперских войск лишали оборону реальной перспективы. Сходные процессы переосмысления местных традиций в иной исторической эпохе отражают англосаксонские языческие традиции.
Гарнизон сложил оружие, укрепления разрушили, а казну и архив изъяли. Правительственный манифест объявил политический центр упразднённым. Его название предписывалось исключить из официального употребления. Ликвидация Запорожской Сечи завершила существование отдельной военно-политической организации, но не уничтожила казачье население.
Старшину подвергли арестам, ссылке либо надзору. Калнышевского заключили в монастырь. Рядовые казаки получили разные статусы в зависимости от службы, имущества и места проживания. Часть жителей записали в государственные категории, другим сохранили землю или предложили военную службу.
Последствия
Упразднение Коша открыло путь к прямому административному освоению степного пространства. Земли включили в имперскую систему управления и начали раздавать новым владельцам. Прежние общинные права уступили межеванию, частному владению и казённому контролю. Перемены затронули хозяйственные связи, порядок заселения и социальный состав края.
Часть запорожцев покинула российские владения и создала поселение под покровительством Османской империи. Такой исход превратил бывших подданных в военную силу у внешней границы. Власти ответили формированием новых казачьих подразделений на служебной основе. Их устройство уже зависело от имперского командования, жалования и установленной территории.
Решение Екатерины II устранило автономный центр, связанный с традициями казачьего самоуправления. Одновременно империя потеряла особую пограничную общину со сложившимися нормами военной демократии. Для бывших запорожцев перемены означали разделение: одни вошли в регулярные служебные структуры, другие стали земледельцами, переселенцами либо эмигрантами. Политическая ликвидация не прервала культурную память о Сечи и её представлениях о свободе.